1961 yılında İzmir’de doğdu. 1986’da Uludağ Üniversitesi Veteriner Fakültesi'nden mezun oldu. 1995 yılında İngiltere’de Leicester Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde İnsan Anatomisi üzerine doktora derecesi aldı. 2000 yılında doçent, 2006 yılında da profesör oldu. Birleşik Arap Emirlikleri'nde iki yıl öğretim görevlisi olarak çalıştı. Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Tıp Eğitimi ve Bilişimi Ana Bilim Dalı Başkanı olarak da görev yapan Şeker, 2008-2010 yılları arasında İstanbul Medipol Üniversitesi Kurucu Mütevelli Heyeti'nde de görev aldı. Aynı zamanda Kamu Yönetimi Lisans mezunu olan Şeker, Aralık 2010 yılında Konya Üniversitesi’ne kurucu rektör olarak atandı. Necmettin Erbakan Üniversitesi Rektörlüğüne Aralık 2014 yılında ikinci dönem için tekrar atandı. TÜBA Asli Üyesi ve TÜBA Konsey Üyesi, TÜBİTAK Bilim Kurulu Üyesi, Üniversitelerarası Kurul (ÜAK) Tıp Sağlık Eğitim Konsey Üyesi, Sağlık Bakanlığı Sağlık Turizmi Üst Kurul Üyesi, Üniversitelerarası Kurul (ÜAK) Doçentlik Konsey Üyesi, Yükseköğretim Kurulu (YÖK) Engelli Öğretim Komisyon Üyesi, KOP Bölgesi Üniversiteler Birliği (UNİKOP) Dönem Başkanı, Üniversite Hastaneler Birliği Yönetim Kurulu Asil Üyesi, Ahmet-Nezahat Keleşoğlu Eğitim Vakfı Mütevelli Heyet Üyesi, Selçuklu Otizmli Bireyler Eğitim Vakfı (SOBE) Kurucu Mütevelli Üyesi, İstanbul İlim ve Eğitim Vakfı (İSİLEV) Kurucu Mütevelli Üyesi, Birlik Vakfı Danışma Kurulu Üyesi ile İNNOPARK Yönetim Kurulu Üyesidir. Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Aziz Sancar Bilim, Hizmet ve Teşvik Ödülleri, TÜBA-GEBİP Teşvik Ödülleri, TÜBİTAK Bilim, Hizmet ve Teşvik Ödülleri seçici kurullarında idari görev yürüttü. G20 ülkelerinin 2017 Science ’20 Zirvesi'nde ve 2018 World Science Forum Jordan’da ülkemizi temsil etti. Ayrıca 2002 yılından bu yana üyesi olduğu Türk Anatomi ve Klinik Anatomi Derneği ile Temel Tıp Bilimleri Platformu yönetimlerinde farklı görevler yürüten Şeker, evli ve üç çocuk babasıdır.